Para dar acuse a múltiples DTE recibidos debes ingresar a tu bandeja de intercambio y posteriormente seleccionar los documentos que deseas aceptar, puedes seleccionar la primera casilla para seleccionar todo o utilizar la tecla Shift para seleccionar el rango que desees, después debes dar clic en «Acciones» y «Recibir y aceptar selección», tal como se muestra en la siguiente captura:

La aceptación múltiple de documentos es una tarea que se ejecuta en segundo plano, ya que demora unos minutos, se te envía un mail notificando el término del proceso y resultado de tu respuesta.